Svenska kyrkan i Toronto kom till som en inofficiell församlig under 1930-talet. Några av de som var med och grundade församlingen på den tiden hette Margit Paulsson och Sigrid och Bertil Reilitz, även Svenska konsulatet var betydande i detta tidiga skede. Man fick låna lokaler av United Church på Queen Street mellan Spedina och University Street. Församlingen träffades för gudstjänster på svenska och den första kyrkoherden hette Josef Sjöberg . Utöver att vara kyrka för svenskar anordnade man även firandet av svenska högtider. Kyrkan kom att bli en viktig mötesplats för svenskar, speciellt under den immigrationsvåg som ägde rum under 1950-talet.
Den 19:e april 1953 upptogs kyrkan som en etnisk församling inom Evangelical Lutheran Church in Canada (ELCIC) och tillhörde som sådan The Eastern Synod. I början var ekonomin mycket svag men man överlevde tack vare det ekonomiska stöd man fick från synoden.
Kyrkans Damkrets (idag kallad Birkagruppen och inte enbart till för damer) var en av de första grupperna inom kyrkan. Damkretsen kom att bli en fundamental frivilligrörelse inom kyrkan som med stort engagemang arrangerade basarer, middagar och organiserade firandet av de svenska högtiderna. Församlingen växte sig allt starkare genom deras och många andras frivilliga insatser. Det stora uppbyggnadsarbetet av församlingen leddes av den svensktalande estniske pastorn August Raidur , som 1953 blev kyrkans nya kyrkoherde. Många av de som var med under dessa tidiga år är fortfarande trogna församlingsmedlemmar och kyrkobesökare.
Under de första decennierna hölls gudstjänsterna i First Lutheran Church på Bond Street i centrala Toronto. År 1975, efter 22 års tjänst, efterträddes Raidur av Tönis Nömmik , även han svensktalande estländare. Under Kyrkoherde Nömmiks tid flyttade församlingen under slutet av 1970-talet till Danska kyrkans lokaler på Finch Avenue i Willowdale i de norra förorterna.
Nömmik hade inte enbart ansvar för Svenska kyrkan utan även för de estniska församlingarna i Toronto och i Hamilton, vilket med tiden blev en stor arbetsbörda för honom. Han presenterade problemet för biskopen i Kithchener och föreslog att Maj Halliwell, som var svensk frälsningssoldat men bosatt i Kanada sedan flera år, skulle få möjlighet att avlasta honom i hans prästerliga uppgifter. Maj fick venia (tillåtelse att predika) och tillstånd att döpa.
På grund av församlingens storlek och dess betydande arbete bland svenskar i Kanada inledde Nömmik diskussioner med Svenska kyrkan i utlandet (SKUT) i syfte att församlingen skulle få bli del av denna organisation. Efter en tids diskussioner blev församlingen upptagen 1990 i SKUT som en av deras kyrkor. SKUT bidrog nu med en avlönad kyrkoherdetjänst. 1991 anlände Lars Frisk med hustrun Torgun och familj och strax därefter inköpte SKUT en prästgård nära kyrkan. Nu följde en blomstringstid för församlingen. Aktivitetsnivån ökade markant och gudstjänsterna kunde hållas varje vecka till skillnad från tidigare då de hölls varannan vecka. Det är under denna tid som barn- och ungdomsverksamheten, som fortfarande är mycket aktiv, blommar upp. Församlingen behövde inte längre koncentrera sig på att ekonomiskt överleva utan istället kunde fokus få ligga på att vara församling för svenskar i Kanada.
1996 upphörde Frisks kontrakt och han ersattes av Per-Olov Carvell som kom till församlingen tillsammans med hustrun Inga-Mai. Under Carvells tid började församlingen att se oss om efter ny kyrkolokal sedan hyran i Danska kyrkan ökat markant. Kontakter togs med Agricola Finnish Lutheran Church och konkreta resultat nåddes snabbt. Under mellandagarna 1997 flyttade församlingen till Agricola. Ett bättre läge och mer ändamålsenliga lokaler kunde vi inte ha fått.
Carvell återvände till Sverige sommaren 1998. Kort därefter beslutade SKUT att dra in kyrkoherdetjänsten och sitt ekonomiska stöd till församlingen. Nu hamnade församlingen i en kris. För att kyrkan skulle få hjälp att anpassa sig till den nya situationen sände SKUT Gunnar Prytz på ett ettårigt kontrakt. Under denna tid utarbetades bland annat ordningar för lekmannaledda gudstjänster. Eftersom församlingen fortfarande var stor och svenskarna ökade i antal i Torontoområdet fanns det ingen anledning att lägga ner kyrkan när SKUT drog in sitt ekonomiska stöd. Istället tog kyrkorådet kontakt med den kanadensiska biskopen Michael J. Pryse för att fråga om råd. Församlingen återupptogs som etnisk kyrka inom ELCIC och biskop Pryse utsåg pastor Darren Dahl som vikarierande kyrkoherde. Dahl kom att stanna i församlingen under år 2000. Eftersom Dahls modersmål inte var svenska kom Gunnar Prytz' lekmannahandledning väl till pass. Med hjälp av större lekmannainflytande kunde gudstjänsterna fortfarande hållas på svenska förutom att predikan och nattvardsliturgin hölls av Dahl på engelska.
Även om kyrkan inte längre officiellt tillhörde SKUT skrevs avtal där det framkom att församlingen fortfarande var affilierade med organisationen. Detta avtal har under åren betytt mycket för kyrkan och dess identitet eftersom församlingen på så sätt finns med på SKUTs hemsida och får del av deras utskick. Många svenskar som tar kontakt med kyrkan gör det ofta genom SKUTs hemsida. Församlingsmedlemmarna känner stor samhörighet med SKUT och värnar om kyrkans positiva relationer till SKUT.
I januari 2001 erbjöd sig Markku Suokonautio , kyrkoherde i Agricola Finnish Lutheran Church, att fungera som vikarie och på så sätt tillsvidare upprätthålla kyrkoherdetjänsten inom den svenska församlingen. Församlingen mottog tacksamt detta erbjudande. Eftersom Suokonautio var svensktalande, kunde kyrkan nu återgå till att hålla gudstjänsterna helt på svenska, vilket är oerhört viktigt, inte bara för enskilda församlingsmedlemmar utan även för kyrkans egen identitet som svenskkyrklig församling. Under tiden fortsatte kyrkorådet, med SKUTs hjälp, att försöka finna en svensk präst till församlingen.
I april 2003 anlände Jan Janson med hustrun Karin för att tjänstgöra som kyrkoherde på halvtid. Janson stannade fram till augusti 2005. Under Jansons tid kom församlingen i kontakt med en svenskt par, Anna och Anders Runesson, nyligen inflyttade till Hamilton utanför Toronto. Båda var teologer och efter fullbordade pastoralteologiska studier på distans via Pastoralinstitutet i Lund, med bland annat Janson som avlönad lärare, samt ingående kontakter med lutherska prästseminariet i Waterloo, Ontario, prästvigdes de i Visby sommaren 2005 av SKUTs biskop Lennart Koskinen. Anna Runesson tillträdde den 1 september 2005 som kyrkoherde på 60% i församlingen. Anders Runesson, som är professor i Nya testamentet och tidig judendom vid McMaster University, fungerar som oavlönad vikarie och leder gudstjänster när Anna är ledig. Han leder också församlingens bibelstudiegrupp.